-Parque Nacional Cabo Pulmo, durante 25,000 años esqueletos calcáreos han formado el único arrecife coralino entre Tierra del Fuego y Alaska, el cual tiene 4 enormes "barreras" de 20 metros de profundidad, 4 metros de largo y un grosor de 45 metros, aproximadamente.
Un arrecife coralino es una construcción biológica formada por esqueletos calcáreos de madrépodas (un celentéreo antozoo colonial) agrupadas en colonias de pólipos (animales que tienen uno de sus extremos fijo en el fondo de las aguas y en el otro una boca rodeada de tentáculos). Todos unidos por algas que le brindan cohesión al armazón.
La pared coralina es el refugio de una gran variedad de especies marinas, por esta razón en el parque hay 220 clases de peces y un número incalculable de invertebrados y algas. Además, anualmente llegan ballenas, delfines, lobos marinos, mantarrayas y enormes tiburones ballenas.
Por ser un paraíso submarino, en el parque se puede practicar con deleite el buceo scuba. Quienes se sumerjan en las aguas de Cabo Pulmo (creado el 6 de junio de 1995) no podrán hacerlo con arpón, guantes, cuchillos y anclas. Tampoco se deben tocar los corales, para evitar cualquier tipo de daño.
Localizado a 63 kilómetros al noreste de San José del Cabo, el parque cuenta con modestos hospedajes, pero también se puede acampar en la playa. Los mejores lugares para bucear en Cabo Pulmo, son:

• El Islote: está al sur de la bahía y tiene una profundidad de 18 metros. Pargos, burritos, gorgonias blancas, ángeles, mariposas, ídolos moros, son algunos de los peces que se pueden apreciar.
  
  
• Brazos del Arrecife: está al norte de la bahía. Al sumergirse se observan grupos de peces tropicales de colores intensos, peces erizos, anguilas jardineras. Entre las rocas aparecen pericos de color verde y en las zonas arenosas hay mantarayas.
  
  
• Los Cantiles: sus caprichosas formaciones rocosas son el hábitat de pargos, meros gigantes, tiburones gatas y pulpos. Por su lejanía a la costa es posible apreciar dorados, atunes gigantes y hasta tiburones. Su profundidad es de 18 metros.
  
  
• El Bajo: es una estrecha franja de rocas segmentadas por canales arenosos, en la que hay cardúmenes de pargos, vistosas estrellas de mar, grandes morenas verdes, tortugas y diversos peces tropicales, además de langostas, cangrejos, pulpos y holocutorios (una especie de gusano marino de raro aspecto).
  
  
• Barco Hundido "El Colima": es una nave atunera que se hundió durante una tormenta en 1939. Hoy el casco de la embarcación es el hábitat de numerosos cardúmenes de burritos, pargos, erizos, trompetas y rayas enormes. Su profundidad es de 15 metros y está localizado a dos kilómetros y medio al norte del arrecife.

-Parque Nacional Bahía de Loreto: dunas, manglares y matorrales xerófilos (plantas ambientadas a zonas secas) son el complemento perfecto de primorosas playas tranquilas y de arena suave. Un paraje de ensueño de 206,581 hectáreas que es una zona protegida desde 1993.
El litoral del parque presenta una interesante fauna marina. Son 160 especies de algas, crustáceos, corales, calamares, pulpos, almejas, caracoles, estrellas y erizos de mar, entre otras variedad de la flora y fauna marina, las que tienen su hábitat en la Bahía de Loreto.
Está en el municipio de Loreto, a 360 kilómetros de La Paz, la capital estatal, siguiendo la carretera Uno.

-Misiones Religiosas: las tierras de Baja California fue habitada por gente indomable que jamás pudo ser doblegada por la espada española. Solo la fe que llegó de la mano de los religiosos pudo apaciguar el ánimo beligerante de los nativos de estas tierras desérticas y de costas agrestes.
La primera de las 18 misiones fundadas por los religiosos fue la de Nuestra Señora de Loreto. Aquí se colocaron las piedras que cimentaron el sueño californiano. Hoy, en pleno siglo XXI, la mitad de ellas todavía se mantienen en pie.

• Nuestra Señora de Loreto, llamada la "madre de las misiones de las Californias", fue fundada por el padre Juan María Salvatierra el 25 de octubre de 1697. Una carpa austera albergó a los religiosos en los primeros años. Posteriormente, en 1699, se construyó una modesta capilla de piedra, la más antigua de la península.
  Dentro de la misión se conservan las inmensas ollas que cimentaron su éxito evangelizador. Cuenta la historia que los religiosos se dieron cuenta de que los nativos "aprendían" más rápido el catecismo si les invitaban a comer pozole (platillo a base de maíz, carne, chile y verduras), el que se preparaba en dichos utensilios. Otros objetos que acaparan la atención son un crucifijo, un retablo de cinco óleos y un vía crucis del siglo XVIII.
  Al lado se encuentra el Museo de las Misiones Jesuitas, con una colección de 300 piezas que testimonian el derrotero de los religiosos en Baja California Sur. Aquí se exhiben óleos del siglo XVII, esculturas de la virgen y una figura de un Cristo Yacente tallado en madera, la cual cuenta con un mecanismo para que la imagen extienda sus brazos. Todas las piezas forman parte del legado religioso de la época colonial. El objeto más valioso del museo es una campana que se cayó en el mar en 1875, cuando pretendían enviarla a otra misión. Fue rescatada por las redes de unos pescadores un siglo después. También se conserva un catecismo de 1681 y un libro de comentarios del eclesiástico de 1701.
  Se muestran flechas, metates (piedras de moler) y collares de cuentas de los grupos nativos cochimíes y paricues; además de las copias de dos pinturas rupestres que los primeros cazadores y recolectores grabaron en la roca.
  Anualmente 22,000 personas visitan el museo. Atiende de martes a domingo desde las 09:00 hasta las 13:00 horas y desde las 14:00 hasta las 18:00 horas.
  
  
• Misión de San Francisco Javier: una casa cural y una humilde capilla de adobe fueron las construcciones primigenias de esta misión, fundada en 1699 por el jesuita Francisco María Píccolo. El edificio que hasta ahora se conserva se erigió en 1744, siendo una joya arquitectónica de Baja California Sur. Sus sólidos cimientos de piedra han contribuido a que la fachada conserve sus modestas líneas barrocas, además del campanario y los ornamentos en cantera.
  En su interior atesora un magnífico retablo de madera tallada en honor a San Francisco Javier, el cual muestra cinco óleos con imágenes religiosas.
  Se encuentra a 32 kilómetros al suroeste de la ciudad de Loreto, siguiendo la carretera Uno, hasta el poblado de San Javier, zona que los indios cochimíes llamaban "tierra alta en los altos de las cañadas". La misión está abierta al público desde las 08:00 hasta las 19:00 horas.
  
  
• Misión Santa Rosalía de Mulegé: fue fundada en 1705 en una zona desértica cercana a las costas del mar de Cortés. En la actualidad solo se distingue una pequeña construcción de piedra que resguarda una imagen de Santa Rosalía, la patrona del lugar.
  Es la más sobria y austera de las misiones. Se encuentra a 63 kilómetros al sureste del poblado de Santa Rosalía, siguiendo la carretera Uno. Puede ser visitada desde las 08:00 hasta las 19:00 horas.
  
  
• Misión de San Ignacio: en la tierra ancestral de los indios cochimíes, un bellísimo oasis con abundante vegetación y palmeras cargadas de dátiles, se erigió esta hermosa misión, una de las mejor conservadas del estado.
  En su fachada destacan cuatro estatuas de piedra que están entre las más hermosas de Baja California Sur. A ambos lados de la puerta se aprecian dos símbolos de la corona española.
  Entre las bellezas que conserva en su interior, se debe mencionar un retablo dorado de estilo barroco y sin columnas en honor a San Ignacio de Loyola, dentro del cual hay ochos óleos religiosos, entre ellos una representación de la aparición de la Virgen del Pilar. El conjunto data del siglo XVIII.
  Se puede visitar diariamente desde las 08:00 hasta las 18:00. Está a 73 kilómetros al noroeste de Santa Rosalía.
  
  
• Otras misiones: en Baja California Sur existen otras huellas del trabajo evangelizador realizado por los religiosos jesuitas. Algunas misiones, como la de Todo los Santos y La Paz, han sucumbido ante los embates de la modernidad y solo conservan parte de su legado histórico; otras han sido remodeladas (Santiago de las Coras) o mantienen su vieja infraestructura (San Luis Gonzaga).
  Asimismo, en la misión de San José de Comundú hay dos campanas del siglo XVII y una del siglo XVIII; mientras que la de San José del Cabo, es, en la actualidad, el principal templo de dicha localidad.