En las partes bajas del estado el clima es seco y desértico, con excepción de Los Cabos (donde termina la península de Baja California), un espacio geográfico que presenta condiciones cálidas y subhúmedas durante casi todo el año; además, este municipio es considerado como zona de influencia de ciclones.

Durante el verano los termómetros sobrepasan los 40° centígrados en Baja California Sur, mientras que en el invierno -especialmente en las zonas altas de la sierra La Laguna (2,080 m.s.n.m.)- la temperatura desciende considerablemente, llegándose a niveles bajo cero.

Las lluvias son escasas en todo el estado y los vientos soplan de oeste a sur durante la primavera, de sur al suroeste en verano, de norte y al noroeste en invierno y del noroeste en otoño.