No es muy extenso, pero en sus 238 hectáreas de superficie, incluyendo sus lagunas, la Isla Contoy presenta uno de los pocos ecosistemas terrestres en estado natural del Caribe Mexicano.
Aquí la mano del hombre no ha intervenido en forma alguna, por lo que se pueden realizar investigaciones científicas sobre los procesos de colonización, dispersión y adaptación de diferentes especies de flora y fauna, en zonas alejadas del continente y en condiciones adversas.
Localizada en el límite del Golfo de México y el mar Caribe, en el municipio de Isla de Mujeres (estado de Quintana Roo), la isla tiene una longitud de 8.75 kilómetros y su anchura fluctúa entre los 20 metros -en el extremo norte- y los 700 en su parte central. En cuanto a su morfología, Contoy es plana y larga, aunque en algunos sectores su suelo es irregular.
Esto origina un medio terrestre poco diverso, sin embargo, se han identificado 98 especies de plantas (70 por ciento de manglares). Ya en el área marina, hay reportes de 41 especies de macroalgas y 2 de pastos marinos.
Además del medio terrestre, Contoy cuenta con otros ambientes naturales, como dunas litorales, lagunas restringidas, un canal intercontinental, una playa abierta y un soberbio complejo arrecifal en su zona sur, el cual marca el inicio del Gran Arrecife Mesoamericano, el segundo más grande del planeta.
A pesar de la inexistencia de mamíferos en la isla -debido a la ausencia de fuentes de agua dulce-, el parque alberga una atractiva fauna, habiéndose identificado cerca de 152 especies de aves, destacando la fragata (Fregata magnificens), el cormorán (Phalacrocorax auritas), el pelícano café (Pelecanus occidentales), el pájaro bobo (Sula leucogaster); además de 14 tipos de reptiles y 6 de mariposas. De otro lado, en la parte sur -la de mayor riqueza biológica- se han registrado 17 especies de corales escleractinios, 14 de gorgonáceos y 23 esponjas marina.
Pero la isla no sólo es importante por su diversidad coralina, sino por ser zona de anidación del pelícano café -el mayor del Atlántico-, refugio para las tortugas marinas caguama (Caretta caretta), blanca (Chelonia mydas) y carey (Eretmochelys imbricata), que arriban en el verano a desovar y hábitat del mangle negro (Avicennia germinans), especie protegida en México.
Las aguas de Contoy -del vocablo maya "Pontoj" (pelícano), son muy ricas en nutrientes como el plancton, lo que origina una abundancia de especies marinas, habiéndose registrado 234, siendo los "habitantes" más prominentes los tiburones ballenas (Rhincodon typus) y las mantarrayas (Manta birostris).
Por todas estas razones la isla fue declarada Parque Natural y Refugio de Flora y Fauna en 1961, siendo la primera área protegida del estado de Quintana Roo. En 1998, ascendería a la categoría de Parque Nacional.
Se encuentra a 50 kilómetros de Cancún y a 32 de Isla Mujeres. Las embarcaciones autorizadas para ingresar al parque zarpan de ambos lugares y, adicionalmente, de Puerto Juárez.
Según las regulaciones impuestas por las autoridades, sólo 200 personas pueden ingresar diariamente a las 2 hectáreas que el estado ha destinado para el uso turístico.