Fue creada el 21 de mayo de 1999. Sus 60,348 hectáreas al norte del estado de Yucatán son un área de transición climática que favorece una explosión de fauna, la misma que está compuesta por 554 especies, 142 de las cuales son endémicas de Mesoamérica, 14 de México y una de Yucatán.

Dentro de este panorama de vida, son las aves las que presentan las poblaciones más numerosas y llamativas. Aquí se han registrado 335 especies aladas, 179 de ellas residentes, 142 migratorias y 14 residentes-migratorias.

La mayor atracción para los visitantes es el flamenco rosado (Phoenicopterus ruber), especie emblemática que llega a la ría para anidar y alimentar a sus polluelos hasta que puedan volar. Los cormoranes, garzas, cigüeñas, gallinitas de agua y el martín pescador también recorren los cielos de la reserva.

Por esta riqueza y variedad, la ría Lagarto fue el primer sistema de humedales mexicano reconocido internacionalmente e inscrito en la lista Ramsar, una convención internacional conformada por 123 estados, que resalta la importancia de este tipo de áreas, consideradas vitales para la supervivencia de las aves acuáticas.

La diversidad de mamíferos, anfibios y reptiles también es importante. De los primeros hay 58 especies, algunas en peligro de extinción como el mono araña (Ateles geoffroyi), el jaguar (Pantera onca), el ocelote (Leopardus pardalis), el tigrillo (Leopardus wiedii), la onza (Felis yagouaroundi) y el oso hormiguero mexicano (Tamandua mexicana).

Asimismo, las especies de anfibio y reptiles reportadas suman 95, mientras que son 71 las especies de peces y animales marinos, como el pulpo (Octopus maya y Octopus vulgaris), la langosta (Panulirus arhus) y el camarón (Penaeus).

En los 60 kilómetros de franja costera de la ría Lagarto desovan cada año las tortugas caguama (Caretta caretta), verde o blanca (Chelonia mydas), laúd (Dermochelys coriacea) y carey (Eretmochelys imbricata). Todas en peligro de extinción.

La diversidad de la fauna de esta reserva se debe en gran medida a los distintos ecosistemas que presenta, como son las selvas medianas y bajas, los petenes (auténticas islas de exuberante vegetación), los manglares, el matorral de dunas costeras y los pastizales inundables.

En lo referido al clima, el promedio de temperatura anual es de 22 grados centígrados, siendo persistentes las lluvias en algunos sectores. Además la zona es considerada de alto riesgo, por encontrarse en la ruta de los huracanes que se forman en el Caribe y el Atlántico oriental.

Dentro del área protegida hay cuatro comunidades dedicadas a la pesca y la explotación de salineras. San Felipe (1 hotel), Río Lagarto (hoteles de hasta veinte habitaciones, cabañas y restaurantes), Las Coloradas (no tiene infraestructura turística) y El Cuyo (8 cabañas con servicios básicos y restaurantes).

Los historiadores y estudiosos de las culturas prehispánicas creen que este territorio fue el puerto de la gran ciudad de Chichén Itzá, donde los mayas controlaban el intercambio de mercancías con el centro de México, Guatemala y otros puntos de Centroamérica.

Hoy la Reserva de Biosfera es administrada por la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (Conanp). Cuenta con dos estaciones de campo, una en Río Lagarto y otra en El Cuyo, donde se realizan monitoreos y recorridos de vigilancia.

Se encuentra a 270 kilómetros de Mérida y a 50 de Tizimín. Para llegar hay que seguir la carretera Federal 176 (Mérida-Tizimín).
También hay vías pavimentadas que conectan San Felipe-Ría Lagartos-El Cuyo. Otra opción es la vía marítima, desembarcando en los puertos de San Felipe y Ría Lagartos.