Fue creada en diciembre de 1993 y en sus 13,142 hectáreas se distinguen 8 sectores geográficos: las selvas baja caducifolia y mediana subperenifolia, el manglar, el matorral xerófilo, el palmar, el carrizal, la manzanillera y la vegetación riparia. Cada zona presenta características propias, además de flora y fauna particular, lo que le da una gran variedad y atractivo a la reserva.

El ambiente más rico y singular es el de la selva baja caducifolia, llamada así porque la mayoría de sus árboles y arbustos pierden por completo su follaje durante la temporada seca (noviembre a junio), para reverdecer con las precipitaciones que se presentan de julio a octubre.

Chamela-Cuixmala se eleva desde los 0 hasta los 500 metros sobre el nivel del mar. Su clima es tropical, con una temperatura media anual de 25° centígrados y precipitaciones de 750 a 1,000 mm de lluvia.

La reserva se encuentra a 180 kilómetros de Puerto Vallarta. Su nombre hace referencia al pequeño poblado de Chamela, que en décadas pasadas fuera un importante puerto, y al caudaloso río Cuixmala, límite natural del sector sur del área protegida.

Su territorio está dividido por la carretera número 200 que une las ciudades de Puerto Vallarta y Barra de Navidad (existen varios autobuses que realizan esta ruta), al este de la vía está la sección I denominada Chamela y al oeste la sección II o Ciuxmala.

Toda la zona es administrada por la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP), la cual representa un modelo de seguridad para los visitantes, porque todos sus ingresos cuentan con casetas de vigilancia operativas las 24 horas del día; eso no es todo, los guardias realizan recorridos a caballo o en camioneta, para desalentar a los cazadores furtivos.