-Museo Bello: en sus 15 salas se exhiben importantes colecciones de pintura, objetos religiosos provenientes de los conventos clausurados durante el gobierno de la Reforma (1855-1861), piezas artísticas de origen europeo, artesanías locales y variadas muestras de cerámica y loza de Talavera poblana.
Su nombre evoca a José Luis Bello y González, filántropo poblano que legó a la ciudad su casona del siglo XIX y su exquisita colección artística, la cual incluía lienzos de reconocidos maestros como El Greco, Miguel Cabrera y Francisco Morales.
Se encuentra en la calle 4 Oriente 412, en el Centro Histórico.

-Museo Regional o Casa de Alfeñique: entre sus tesoros culturales destacan varios códices, planos, pinturas y fotografías que constituyen parte de la memoria histórica y documental de Puebla. Además, se exhibe una colección de vestimentas antiguas, utilizadas por los antiguos pobladores de la ciudad.
Fue inaugurado en 1926, y se eligió como su sede una casona del siglo XVIII, la cual presente una fachada con profusa decoración, revestimientos de ladrillos y azulejos y recargados adornos en argamasa blanca que se asemejan a los dulcecísimos turrones de Puebla, llamados alfeñiques. De ahí proviene su nombre.
Se encuentra en la calle 4 Oriente 412, en el Centro Histórico.

-Museo Amparo: inaugurado en 1991, es considerado uno de los más importantes de Latinoamérica, por el uso de una envidiable tecnología de punta (multimedia) y sus novedosos conceptos museográficos.
En sus salas se exponen estelas, máscaras, figuras de dioses y utensilios diversos de origen zapoteca, totonacas, maya, olmeca, entre otros pueblos prehispánicos. También se conservan atractivas colecciones del periodo colonial, destacando varios lienzos, imágenes religiosas y una fina mueblería.

El proyecto para la creación del museo fue impulsado por la fundación Amparo, creada en 1979 por Manuel Espinosa Iglesias en honor a su finada esposa Amparo Rugarcía de Espinosa. Los responsables de esta loable tarea eligieron como sede al complejo colonial El Hospitalario, integrado por el hospital de Nuestra Señora y San Juan de Letrán del siglo XVI y una hermosa casona del siglo XVIII.
Las instalaciones coloniales fueron remozadas para ser convertidas en las cálidas salas de exhibición del museo, localizado en la calle 2 Sur 708.

-Museo de Arte Virreinal: atesora una colección de lienzos religiosos de origen colonial, que por su importancia y vastedad es una de las más completas de México. Pero eso no es todo, sus salas también se inmiscuyen en el pasado para mostrar a los visitantes curiosos e interesante objetos relacionados con la ciencia médica.
La extraña propuesta museográfica (mezcla de arte sacro y objetos de ciencia) se justifica porque el centenario edificio que hoy alberga los lienzos religiosos y los instrumentos usados por los cultores de la ciencia médica, fue durante la época colonial el principal nosocomio de Puebla.
El hospital de San Pedro se fundó en 1545, aunque la construcción de su local recién concluyó en el siglo XVII. Se trata de un magnífico edificio que ocupa más de 5,000 metros cuadrados. Su fachada original muestra un manto de ladrillos y el escudo de la Catedral, mientras que su interior destaca por sus bóvedas y cúpulas curvadas. También sorprenden las hermosas arquerías de su patio, uno de los mayores de la ciudad.
Al lado del hospital se construyó la iglesia de San Pedro, que presenta un sobrio estilo clásico en su fachada.
El museo está localizado en la calle 4 Norte 203, en el Centro Histórico.